CAP 开放协议
CAP 2：面向 ArkGraph 的不可变、可验证科研图快照。
CAP（CiteArk Artifact Protocol）交换不可变的科研图快照。论文可以是来源实体，也可以是研究成果的呈现形式；没有论文的研究使用相同模型。
当前协议为 2.0.0-alpha.2，由 CiteArk Agent 生成。既有 CAP 2 alpha.1 快照仍可读取，CAP 1 格式明确拒绝，不自动猜测或转换。Agent 软件、CAP 协议和图查询规则分别编号。
五类科研对象
| 规范类型 | 含义 | 常见角色 |
|---|---|---|
| Entity（实体） | 材料、对象或尚未执行的规范 | 论文、数据、代码、检查点、方法、观测、提示词、轨迹 |
| Activity（活动） | 实际发生或正在发生的过程 | 执行、训练、评估、分析 |
| Assertion（断言） | 命题或有明确范围的判断 | 假设、主张、科学评估 |
| Agent（参与者） | 参与研究的主体 | 研究者、机构、模型、运行器 |
| Relation（关系） | 有来源且固定端点版本的关系 | 科研与溯源关系 |
计划属于实体，不能据此宣称某次活动已经发生。观测保留值、单位、条件、来源及已知限制；评估另行声明目标、证据、方法、评估者、适用范围、限制和结论。相互冲突的评估共同保留。
活动状态包括 running、succeeded、failed、cancelled、partial、timedOut、unknown；评估结论为 supports、challenges、contradicts、inconclusive。执行成功并不等于主张得到支持。
身份与修订
记录具有生产者命名空间中的逻辑标识和精确内容摘要。修订保留逻辑身份，产生新摘要；同一快照中一个逻辑标识只保存一个版本。相同标题或文字不自动合并科研对象。一次实际执行可以支持多个主张，但不会因此计为多次独立执行。
| 身份 | 固定的内容 |
|---|---|
| 记录摘要 | 规范化的科研对象字节 |
| 产物摘要 | 规范化清单及其记录、材料描述符 |
| 归档摘要 | 包含分离式附件的完整运输字节 |
清单与规范 JSON 记录使用 RFC 8785 规范化方式。科学小数使用字符串，例如 {"decimal":"81.900000"}。清单不包含自身摘要。重新打包或增加分离式签名不会改变科研产物身份。
关系与来源
每条关系包含谓词、主体、客体、声明者、来源、依据和可选限定。端点使用 {ref, digest, recordType}，跨产物引用增加 artifactDigest。领域记录中的本地绑定可以用 {ref}，因为不可变清单已经固定版本；独立关系的端点必须携带精确摘要。
| 关系 | 方向 |
|---|---|
used、generated | 活动 → 输入或产出实体 |
follows | 实际活动 → 方法实体 |
requires | 计划方法 → 必需材料 |
hasStep、expects | 方法 → 细分计划步骤或预期产出规格 |
about | 科研对象 → 数据、模型等适用对象 |
associatedWith、partOf | 活动 → 参与者或所属活动 |
derivedFrom | 派生实体 → 来源实体 |
plannedFor、evidenceFor | 计划或观测 → 断言 |
assertedIn、attributedTo | 断言 → 来源；对象 → 声明者 |
assesses、basedOn | 评估 → 目标或科学依据 |
describes | 实体 → 被描述对象 |
revises、supersedes | 新版本 → 同类对象的旧版本 |
依据区分实际观测（observed）、来源声明（declared）、推断（inferred）和签名证明（attested）。签名不会把声明升级为观测。未解析引用只声明依赖，不会自动下载或计为已验证证据；摘要不是访问权限。
归档与材料
传输格式为 .cap，即 tar+gzip 归档，媒体类型为 application/vnd.citeark.cap+tar+gzip;version=2。
cap-manifest.json
records/sha256/<prefix>/<digest>.json
blobs/sha256/<prefix>/<digest>
attestations/
preview/
projections/
cap-locations.json
ro-crate-metadata.json清单的模式地址为 https://citeark.com/schemas/cap/v2/manifest.schema.json，媒体类型为 application/vnd.citeark.cap.manifest.v2+json，版本为 2.0.0-alpha.2，包含创建者、扩展规范、根对象、记录、材料及产物间关系。类型与扩展规范地址以 /2.0 结尾。
材料描述符固定摘要、大小、媒体类型、角色和可用性：已嵌入（embedded）、外部（external）、未公开（withheld）。受限材料可以保持不可取得。数据和模型的身份不要求连同全部字节打包。不安全路径、重复项、链接、设备、未声明的科研文件及错误摘要都会被拒绝。位置与预览属于分离式呈现数据。
扩展规范与信任
Core 不要求论文、托管任务或执行。研究编译规范记录有来源的理解；研究计划规范记录预期方法和目标；计算运行规范记录实际执行；复现规范增加参考研究、范围和评估绑定。轨迹、受限证据和公开包规范分别增加相应约束。
复现场景继续使用盲化执行和预先承诺的核验策略。承诺算法仍叫 citeark-policy-commitment-v1，这个算法名称不表示归档采用 CAP 1。评估公开并核验策略承诺，不修改原始观测。
分离式签名使用 Ed25519、DSSE 和 in-toto Statement v1；CAP 谓词地址为 https://citeark.com/cap/attestations/artifact/v2。签名有效、签名者可信、执行真实、独立重复和科学支持分别判断。托管准入额外检查任务与论文绑定，独立签名不会赋予平台执行身份。
每项材料沿用自身权利。公开元数据不授予论文、数据、模型或代码再分发权。RO-Crate 与来源映射属于投影，不替代 CAP 验证。
Agent 轨迹
保存实际留存的工作流指令、已知模型和供应商身份、工具调用、命令、输入输出、补丁、明确决策、错误和重试。提示词与轨迹是实体，可引用材料；大体积完整聊天可选，不要求或声称捕获隐藏思维链。
公开级别和脱敏情况必须如实标明。只有摘要的提示词不能标成可下载原文。Agent 可写的实验助手日志保留为声明；未捕获的训练或分析阶段不会根据命令名称推断补齐。仅重新评估时复用活动与观测字节，新增评估并关联此前版本。
ArkGraph 查询与发布
网页与 Agent 共用 arkgraph/1 查询规则：子图、精确对象、路线、路线对照和来源追踪。路线可以分支、汇合或共享输入。比较固定两侧产物范围和目标版本，保留冲突判断；截断或不可访问依赖保持未知。不同摘要不能证明实验独立。
citeark-agent graph --cap result.cap --operation subgraph
citeark-agent graph --cap result.cap --operation route --query route.json
citeark-agent graph --server https://citeark.co --query query.jsonPOST /api/v1/graph 与 MCP query_research_graph 使用同一契约。可通过 POST /api/v1/artifacts、MCP publish_research_artifact 或研究产物页面上传签名 CAP。默认私有，关联论文可选；复现结果绑定自己的计划。另见 Agent API 和本地执行。
细化科研对象
数据集、具体划分、模型架构、检查点和代码版本可以各自成为实体。procedure-step 保留细分步骤及共享输入，预计产出带有 prospective: true，不会提前显示为已生成。论文报告的测量、实际执行的观测和 measurement-assessment 单项判断分别保留为节点；单项支持不会覆盖整个主张的证据不足。步骤和产出的关系均来自签名 CAP，标题相同不自动合并。